O acervo que constitui a base das exposições permanentes do Museu do Oriente divide-se em duas grandes colecções.

A primeira, alusiva à presença portuguesa na Ásia, é constituída por mais de dois milhares de objectos artísticos e documentais, fruto de uma política de aquisições levada a cabo pela Fundação Oriente desde a sua constituição, junto dos mercados de arte nacionais e internacionais. Integra várias peças excepcionais, com destaque para biombos chineses e japoneses dos séculos XVII e XVIII, peças de arte namban de grande raridade, porcelanas brasonadas da Companhia das Índias para o mercado português e porcelanas decoradas com temática ocidental de exportação para o mercado europeu ou um significativo núcleo relacionado com as culturas dos povos de Timor.

A segunda grande colecção encontra-se reunida sob a designação de Colecção Kwok On. Fruto da doação do Musée Kwok On de Paris, é formada por mais de 15.000 testemunhos das artes performativas do continente asiático e dos patrimónios narrativo, religioso e ritual de que essas artes são expressão. Documenta as principais religiões asiáticas, as suas manifestações rituais, as suas variantes e panteões, da Índia ao Japão, do Vietname à China, da Indonésia à Tailândia, passando pela religião popular chinesa, o Hinduísmo, o Xintoísmo, o Budismo e o Islamismo. Um autêntico caleidoscópio de lendas, histórias e mitos, valores e crenças, que definem e transmitem identidades asiáticas. Da colecção destacam-se os núcleos de trajes, marionetas, máscaras, jogos, instrumentos musicais, gravuras e pinturas, cartazes, estatuetas e um sem número de objectos rituais.

A colecção tem aumentado ao longo de décadas através de missões organizadas anualmente pela Fundação Oriente, a locais onde estas práticas sociais e culturais ainda se realizam. Estas missões de recolha de peças mas também de registo dos seus contextos de produção e uso cumprem um duplo propósito: enriquecer a colecção e evitar a sua cristalização e a dos temas que a compõem, dando assim a conhecer uma outra Ásia, mais popular, transversal a todos os grupos sociais e menos estereotipada.

Dada a sua representatividade geográfica, a Colecção Kwok On é considerada uma das melhores no seu género, à escala europeia. Inclui artefactos de notável qualidade e grande impacto visual. Embora grande parte destes tenha origem em tempos remotos, alguns únicos e raros mesmo entre os principais museus congéneres, a colecção destaca-se por documentar práticas sociais e culturais ainda actuais.